住宅資金貸付債権が法定代位により取得された場合は、再生計画に住宅資金特別条項を定めることはできません（民事再生１９８①）。
なぜなら、保証人その他の第三者が弁済をして、弁済者代位により住宅資金貸付債権を取得した場合に、その第三者に住宅資金貸付特別条項による分割払いを強いることは酷であることを考慮したものです。
一方、住宅資金貸付債権が債権回収会社に譲渡された場合や、証券化された場合は、債権は同一性を保っていますし、「第三者」とはいえないと解され、住宅資金貸付条項付きの個人再生を申立てすることはできます。
なお、保証会社による代位弁済の「巻き戻し」の場合には、「巻き戻し」の可能な期間が、保証会社の代位弁済時から6カ月以内に限られますが、債権譲渡の場合には、期間制限の適用はありません。

保証人が保証債務を履行することにより代位取得した住宅ローン債権を対象として、住宅資金特別条項を定められないものとしていることは前記のとおりですが、そうなるとほとんどの場合に住宅資金特別条項付きで申し立てることが不可能となってしまいますから、保証会社が保証人の場合、代位弁済後6カ月以内に再生手続き開始の申立がなされたときには、同条項を定めることを可能としました（１９８②）。これが「巻き戻し」と言われるものです。
住宅ローン債権者と保証会社の関係では、保証債務が履行されたことによって消滅したその保証債務が復活し、保証会社は住宅ローン債権者に対して、不当利得返還請求を有することとなります。
再生債務者が保証会社の求償権に対して弁済していた時は、その金員は保証会社から住宅ローン債権者に直接交付されることになっています（２０４②）。実際には、保証会社と住宅ローン債権者との間で相殺処理されることが多いです。
事前協議は住宅ローン債権者だけでなく保証会社との間でも行う必要があるでしょう。

住宅に、住宅ローン以外の債務を被担保債権とする後順位の担保権が設定されている場合に住宅貸付特別条項を利用するためには、後順位担保権を消滅させる方法を考えることとなります（１９８①但し書き）。
第三者が弁済し、後順位の担保権を消滅させたうえで、再生手続きの申立てをし、住宅貸付特別条項を利用することは当然認められております。
債務者本人が弁済した場合、住宅に後順位の被担保債権をすべてカバーする担保価値がある場合には、弁済した分だけ担保から外れて一般財産が増加する関係になり、清算価値はその弁済の前後で変動しないと思われます。一方、住宅に後順位の被担保債権まですべてカバーする担保価値がないが、申立て直前に債務者により後順位の被担保債権の弁済がなされた場合は、原則として、後順位抵当権者に対して申立直前に弁済した分（清算価値が減少した分）を上乗せして清算価値を計算し、その上乗せされた清算価値を前提に再生計画案を策定する必要がありますので、その分上記の第三者弁済の場合に比べて、再生計画案の条件が厳しくなります。
実務的には、親戚等の第三者弁済を検討することが先になるでしょう。